现今南运河是四女寺枢纽以下至天津市静海县十一堡一段河道，流经山东省德州市，河北省故城、景县、阜城、吴桥、东光、南皮、泊头市、沧县、沧州市、青县等县（市），是一条蜿蜒型河道，河道全长309公里，两岸堤防总长544公里。

南运河是一条古老的人工渠化航道，开凿于隋代大业元年至六年（公元605至610年），是隋代永济渠的一部分，元代时属京杭大运河，称御河，至清代才称南运河，曾对南北漕运发挥过重要作用。

历史上漳卫南运河“上大下小，尾闾不畅”，南运河是该河唯一入海通道，洪灾频繁。为渲泄上游来水，明清两代先后开挖了四女寺等五条减河。至清光绪年间，运河失修，“原有闸坝堤堰无一不坏，减河引河无一不塞”。

建国后，于1954年和1958年曾两次进行较大规模的治理，保证行洪流量提高到400秒立米。1972年，卫运河洪水主要改由漳卫新河承汇后，南运河控泄300秒立米，使防洪安全有了充分保证。